近日，珠江水產(chǎn)研究所觀賞漁業(yè)研究室在珠江土著魚類斑鳠基因資源研究方面取得新進展，獲得了斑鳠雌雄端粒到端?；蚪M，為進一步開展其繁育和雌雄鑒定研究提供了基因資源。相關研究論文“Gap-free chromosome-level genomes of male and female spotted longbarbel catfishHemibagrus guttatus”發(fā)表于國際著名期刊《Scientific Data》（JCR1區(qū)，IF2022=9.8）。該論文得到廣東農(nóng)技服務輕騎兵重大農(nóng)業(yè)技術鄉(xiāng)村行推廣項目現(xiàn)代漁業(yè)示范窗口子項目（ZDGZ22-Q08029）、2022年省級鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略專項（2022SBH00001）和國家淡水水產(chǎn)種質資源庫（FGRC18537）等項目資助。珠江所為第一完成單位，廣東省農(nóng)業(yè)技術推廣中心、廣東漢漁生態(tài)科技有限公司和深圳大學共同參與此項工作。楊葉欣、劉奕和陳方燦為第一作者，牟希東研究員和卞超副研究員為共同通訊。
斑鳠,俗稱芝麻魽、白須魽，是珠江四鮮之一。因其肉質鮮美、無肌間骨等特征，素稱淡水之王，是我國重要的經(jīng)濟魚類。由于過度捕撈和水壩建設，中國南方的斑鳠數(shù)量急劇減少，其野生種群被列為國家重點保護野生動物（二級）。為加快斑鳠人工繁育和解決早期雌雄鑒別等產(chǎn)業(yè)問題，該研究結合HiFi、Hi-C 和轉錄組測序，分別獲得了斑鳠雄性和雌性的端粒到端?；蚪M。雄性基因組大小約為749.1 Mb,BUSCO評估的完整性為94.2%；雌性基因組大小約為747.8 Mb，BUSCO評估的完整性為95.0%。雄性和雌性個體中分別獲得了35,277和34,571個蛋白質編碼基因集。本研究中組裝的兩個基因組將為后續(xù)斑鳠的種群遺傳學、繁育及性別鑒定分子標記的開發(fā)提供數(shù)據(jù)資源。
全文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03424-8
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