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黑龍江所發(fā)布首個烏蘇里白鮭染色體水平基因組圖譜
2024-09-02 14:04:24  來源:

黑龍江所鮭鱒遺傳育種與陸海接力養(yǎng)殖聯(lián)合攻關(guān)創(chuàng)新團隊黃天晴、徐革鋒等人完成了烏蘇里白鮭( Coregonus ussuriensis)全基因組的測序與組裝,繪制首個烏蘇里白鮭染色體水平基因組圖譜。相關(guān)成果“A chromosome-level genome assembly and evolutionary analysis of Coregonus ussuriensis Berg”發(fā)表在國際期刊《Scientific data》(IF:5.8,JCR1區(qū),https://doi.org/10.1038/s41597-024-03642-0)。

烏蘇里白鮭屬鮭形目、鮭科,分布于我國黑龍江、俄羅斯西伯利亞等水域,其肉質(zhì)細膩、味道鮮美,具有較高的營養(yǎng)價值和經(jīng)濟價值。由于生存環(huán)境的惡化和過度捕撈等因素,烏蘇里白鮭數(shù)量已經(jīng)出現(xiàn)了明顯的下降,并被列入了《中國瀕危動物紅皮書》魚類卷。為加強烏蘇里白鮭的種質(zhì)資源保護和利用,為其人工繁育、分子標記提供理論基礎(chǔ),黑龍江所開展了烏蘇里白鮭的全基因組研究。該研究采用PacBio測序技術(shù)和Hi-C組裝技術(shù),構(gòu)建了烏蘇里白鮭染色體水平參考基因組,基因組全長2.51 Gb,contig N50長度為4.27 Mb,scaffold N50長度為62.20 Mb,注釋了43320個蛋白質(zhì)編碼基因,平均長度為19815.01 bp,每個基因的平均編碼序列長度為1524.46 bp,平均外顯子數(shù)為8.68個。共線性分析發(fā)現(xiàn)烏蘇里白鮭與Coregonus sp. BalchenOncorhynchus mykiss、Salmo salar存在很強的同源性,全基因組復(fù)制(WGD)分別發(fā)生在同源位點突變率(Ks)0.1246、0.1246、0.2951、0.1305附近,在Ks值為0.1645時烏蘇里白鮭與大西洋鮭發(fā)生了物種分化。該基因組的組裝為開發(fā)烏蘇里白鮭生長繁育、抗逆等經(jīng)濟性狀的分子標記提供了重要的數(shù)據(jù)參考。

該研究得到中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費專項(HSY202103M)、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(CARS-46)和中國水產(chǎn)科學(xué)研究院基本科研業(yè)務(wù)費 (2023TD96)項目資助。


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