近日，中國水產(chǎn)科學研究院湖庫增殖漁業(yè)創(chuàng)新團隊在圓口銅魚種質(zhì)資源鑒定和挖掘方面取得新進展，發(fā)布了首個高質(zhì)量的染色體水平參考基因組。相關研究成果于2024年5月首次在國際權威公共數(shù)據(jù)庫NCBI上公布，并于近日以《Chromosome-level genome assembly and annotation of largemouth bronze gudgeon (Coreius guichenoti)》為題在國際期刊Scientific Data（Q1，2023IF=5.8）在線發(fā)表。李學梅研究員為論文第一作者，朱挺兵副研究員為通訊作者。
圓口銅魚（Coreius guichenoti）是長江上游特有的產(chǎn)漂流性卵魚類。其是以動物性食物為主的雜食性魚類，并具有強應激性、人工馴養(yǎng)易患小瓜蟲病等特點，俗稱“出水爛”。由于其味道鮮美、生長較快，歷史上曾是產(chǎn)區(qū)的主要經(jīng)濟魚類之一。近幾十年來，受過度捕撈、水電開發(fā)、棲息地破壞等因素影響，該物種的種群資源急劇下降，瀕臨滅絕，已被列為國家二級重點保護野生動物。因此，保護其種質(zhì)資源并防止種群衰退至關重要。目前，圓口銅魚在繁殖與發(fā)育、食性、生理生化、人工繁育及應激緩解等方面已得到廣泛研究。然而，關于其全基因組的研究卻是空白的，制約了對其遺傳資源的保護與充分利用。
團隊利用PacBio 和 Hi-C 技術，對圓口銅魚基因組進行了組裝，首次獲得了高質(zhì)量的染色體水平圓口銅魚參考基因組。該基因組的大小為1100.1 Mb，Contig N50為25.0 Mb，其中97.9%的序列被掛載到25條染色體上。該基因組共注釋到731.0Mb的重復序列，以及22506個蛋白質(zhì)編碼基因。質(zhì)量評估顯示，該基因組的BUSCO評估值為96.2%。物種進化分析表明，圓口銅魚與銅魚親緣關系較近，它們在約 2070 萬年前從共同祖先分化而來。這些發(fā)現(xiàn)為圓口銅魚適應性進化、優(yōu)異種質(zhì)基因資源挖掘、強應激和小瓜蟲病易感機制等研究提供了重要數(shù)據(jù)。
該研究獲得中國水產(chǎn)科學研究院基本科研業(yè)務費（2023TD61）、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術體系（CARS-46）和江西省重點研發(fā)計劃（20223BBF61010）項目的資助。研究論文全文下載地址為：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04416-y。
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