日前，中國水產(chǎn)科學研究院黃海水產(chǎn)研究所海水魚蝦流行病學與病害防控創(chuàng)新團隊與上海交通大學等單位合作在RNA病毒進化領域取得重要發(fā)現(xiàn)，相關研究成果發(fā)表在病原學領域國際著名期刊PLoS Pathogens。
正義單鏈RNA病毒（+ssRNA病毒）與負義單鏈RNA病毒（-ssRNA病毒）是自然界中兩類主要的單鏈RNA病毒，它們在基因組結構、轉錄和復制策略上存在顯著差異，因此長期以來被認為在進化上是相互獨立的。本研究從生存在高鹽生態(tài)系統(tǒng)的古老甲殼動物鹵蟲中鑒定出一種新的正義單鏈RNA病毒（brine shrimp virga-like virus 1, BSVV1），其基因組分析顯示該病毒包含三個開放閱讀框（ORFs），其中ORF1來源于+ssRNA病毒，而ORF2與-ssRNA病毒同源（圖1和圖2）。該團隊利用質譜分析技術成功鑒定出了BSVV1的三個ORFs蛋白產(chǎn)物，證實了BSVV1的基因組結構（圖3）。科研人員進一步開發(fā)了基于TaqMan探針的實時熒光定量（RT-PCR）檢測方法，證實了該病毒在鹵蟲體內的復制能力。
本研究提供了首個正負義單鏈RNA病毒間重組事件的直接證據(jù)，為理解RNA病毒基因組多樣性和進化的復雜過程提供了新的見解。
黃海所董宣研究員和碩士研究生張帆為文章的共同第一作者，黃海所黃倢研究員和上海交通大學上海市病毒研究院史衛(wèi)峰教授為文章的共同通訊作者。該研究得到了悉尼大學Edward C. Holmes教授、比利時根特大學Sorgeloos Patrick教授和Hans Nauwynck教授、天津科技大學亞洲區(qū)域鹵蟲參考中心隋麗英教授、中國科學院上海藥物研究所高婧高工和周虎教授、山東第一醫(yī)科大學李辭修教授等專家的支持。該研究得到國家重點研發(fā)計劃青年科學家項目（2023YFD2402200）、青島市自然科學基金（23-2-1-181-zyyd-jch）、泰山學者計劃、山東省重點研發(fā)計劃（2024CXPT071-3）、中國水產(chǎn)科學研究院基本科研業(yè)務費（2023TD42）、國家蝦蟹產(chǎn)業(yè)技術體系（CARS-48）等項目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013015
圖1.BSVV1的基因組結構圖
（A）映射到BSVV1參考序列上的宏轉錄組測序數(shù)據(jù)?？缭絆RF1和ORF2以及跨越ORF2和ORF3的Reads被突出顯示。
（B）預測的BSVV1全長基因組序列的結構以及三個預測的開放閱讀框（ORFs）和功能基因。
（C）一代測序引物序列分布，其中F23/R23是跨越ORF1、ORF2和ORF3三個區(qū)域的引物。
圖2.BSVV1和相關病毒的基因組結構示意圖
圖3.BSVV1的ORF1、ORF2和ORF3蛋白產(chǎn)物的質譜分析結果
（A）ORF1、ORF2和ORF3蛋白產(chǎn)物的一級序列覆蓋圖，鑒定出的肽段用紅色標出。
（B, C）ORF1蛋白產(chǎn)物代表肽段的質譜注釋圖。
（D, E）ORF2蛋白產(chǎn)物代表性肽段的質譜注釋圖。
（F, G）ORF3蛋白產(chǎn)物肽段的質譜注釋圖。
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